All'indomani del plebiscito per l'annessione al regno di Sardegna, il nuovo ministro della Pubblica Istruzione Terenzio Mamiani sospese dal loro ufficio tre docenti della Facoltà senese di teologia perché reazionari. Tale provvedimento, che provocò le dimissioni – subito accettate – dell'arcivescovo dalla carica di arcicancelliere dello Studio, aprì la strada alla definitiva soppressione di quella Facoltà. Più tardi, in seguito alla legge Matteucci del 31 luglio 1862, l'Ateneo senese fu incorporato nel demanio statale. Un consorzio di enti cittadini creato nel 1875 per aiutare l'Università segnò la strada che doveva portare al sospirato pareggiamento con le sedi "primarie", finalmente raggiunto con una legge del 14 luglio 1887. La fortunata istituzione delle Scuole di farmacia nel 1865 e di ostetricia nel 1870 accrebbe l'importanza della Facoltà senese di medicina, che attraverso una convenzione dell'86, primo esempio del genere in Italia, poté valersi degli Spedali Riuniti S. Maria della Scala, trasformati in Policlinico universitario.
In seno alla Facoltà di giurisprudenza fu creato nel 1879 un Circolo giuridico e cinque anni più tardi – a rendere anche più rigogliosa la vita di questo istituto, già fornito di una biblioteca specializzata – iniziò le pubblicazioni una rivista, Studi Senesi, con lo scopo di raccogliere i frutti delle ricerche compiute nel Circolo da professori e studenti.
Questo sviluppo, tuttavia, non evitò il progetto di soppressione dell'Ateneo, presentato alla fine del 1882 dal ministro Ferdinando Martini.

Contro l'attuazione del progetto scoppiò allora a Siena un vero moto popolare, che si risolse in uno sciopero generale dei negozianti e in un comizio di protesta, organizzato dal Comune nella piazza del Campo, dove il 29 gennaio 1893 si riunirono, insieme con la folla dei cittadini, i rappresentanti di ogni istituzione o gruppo esistente in città, da quelli del Seminario arcivescovile a quelli della Loggia massonica "Socino". Il progetto ministeriale rientrò e un anno dopo, quasi a dimostrare con i fatti l'amore dei senesi verso la loro Università, il Monte dei Paschi iniziò a sue spese la costruzione dei nuovi Istituti biologici. Gli sforzi del Consorzio universitario – a cui si erano aggiunti, oltre il Comune, la Provincia, la Società di Esecutori di pie disposizioni e il Monte dei Paschi, anche l'Ospedale, l'Accademia dei Fisiocritici e molti Comuni della provincia – si intensificarono in seguito alla "legge Gentile" del 1923, che impose alle piccole Università come quella senese la ricerca dei mezzi per il proprio mantenimento.
Nel periodo fra le due guerre gli iscritti all'Ateneo di Siena superarono quasi sempre il numero di 400, la Scuola di Farmacia si trasformò in Facoltà e in seno alla Facoltà di Giurisprudenza nacque il Corso di Laurea in Scienze Politiche.
Il progressivo sviluppo dell'ultimo cinquantennio può essere sinteticamente illustrato da alcune cifre relative all'anno accademico 1998-99: 9 Facoltà, 30 Corsi di Laurea; 23 Corsi di Diploma universitario; 48 Scuole di Specializzazione; 56 Corsi di Perfezionamento e Aggiornamento; 6 International Schools; 6 Masters; studenti iscritti 21527.

Giuliano Catoni