"Questa terra luntana sci è Sena incoronata, là o eo son stato a li piè de la phylosophya, et audito la soa doctrina e nutrito del lacte de la sua dolceza e no senza spese e fatica ò atrovato margarita de scientie preciosa". Il maestro di ars dictandi bolognese che nella prima metà del XIII secolo scrisse queste parole, accompagnandole con altri riferimenti ad una scuola senese di retorica e di grammatica, è il testimone più vivace dell'esistenza di un centro di studio, che il Comune toscano finanziava con i proventi delle tasse pagate da quanti affittavano stanze a scolari forestieri. A costoro lo Studio senese offriva garanzie e privilegi tipici delle istituzioni create e sorrette dallo Stato, che si preoccupava non solo di far conoscere “per civitates et castra Tusciae” i privilegi della propria scuola, ma cercava di mantenerne alto il livello chiamando a Siena buoni maestri e ampliando la rosa degli insegnamenti.
Il primo documento che testimonia l'esistenza di uno Studio finanziato dal Comune fu redatto dal podestà di Siena Ildebrandino Cacciaconti il 26 dicembre 1240, mentre un atto notarile dell'anno seguente ci informa che, insieme con la più antica scuola giuridica, esistevano anche una scuola di grammatica e una scuola medica.

Quest'ultima divenne ben presto autorevole, come dimostra il soggiorno senese di un maestro quale Pietro Ispano, illustre medico e filosofo, autore del Liber de conservanda sanitate, poi eletto papa nel 1276 col nome di Giovanni XXI. Alcuni anni prima un altro papa, Innocenzo IV, aveva indirizzato alla comunità universitaria il privilegio Vestra ferventer. Con quel documento, emanato il 29 novembre 1252, scolari e maestri senesi venivano dichiarati immuni da tasse eventualmente richieste dal comune e come tali riconosciuti membri di un'istituzione regolata dallo ius commune. Tale riconoscimento conferma il favore che lo Studio senese godè fin dal suo sorgere presso l'imperatore, di cui un autorevole rappresentante del Consiglio generale di Siena – il giudice Griffolo – ricordò le leggi emanate super facto Studii generalis nella seduta del 18 luglio 1257, con lo scopo di sollecitare il governo della città ad applicarle e a dotare l'Università di sufficienti risorse per il suo funzionamento e per il suo sviluppo.
Tuttavia, nonostante queste e altre raccomandazioni, lo Studio senese non riuscì ad avere sempre una solida base finanziaria per il completo svolgimento della sua attività e per lungo tempo non ebbe neppure una stabile sede, leggendo i maestri o in una chiesa affittata o nella propria abitazione.