Si laureò nello Studio Senese "in artibus et medicina" il 6 aprile 1485, avendo come promotori Alessandro Sermoneta, Girolamo Marretta, Gregorio d'Alessandria ed un non meglio identificato “magister Bretoldus”. Tre anni dopo, era già lettore a Pisa con un salario di 43 fiorini, mentre nel 1489 fu chiamato a Perugia.
L'anno successivo è chiamato ancora alla lettura, di medicina nell'Ateneo Pisano, ma la notizia appare controversa in quanto il Buoninsegni appare tra i promotori di un atto di laurea rilasciato a Siena il 16 gennaio 1491.

Probabilmente si tratta di quella prassi, già verificata per un altro grande docente senese, Bartolomeo Sozzini, che, pur essendo lettore presso lo Studio Pisano, risultava essere nello stesso periodo fra i promotori delle laureee senesi. Alla fine del 1492 fu ricondotto a Siena in medicina con un salario di 100 fiorini, ma dalla fine del 1493 al 1496 fece di nuovo ritorno a Pisa. Nell'anno accademico 1500-1501 risulta per l'ennesima volta condotto a Siena con un salario di 250 fiorini. Rivestì anche l'incarico di Archiatra presso il Pontefice Pio III, il senese Francesco Piccolomini Todeschini.