La Giunta è l'organo deliberativo della Scuola ed esercita le funzioni proprie dei Comitati per la didattica dei corsi di laurea e di diploma.
E' composta dal Direttore, da tre docenti e da due rappresentanti degli specializzandi eletti con le modalità previste dal regolamento elettorale (dall'articolo 5 dello Statuto dell'Università agli Studi di Siena)

Nella Scuola di specializzazione di Siena la Giunta è composta dal direttore Prof. Giancarlo Rolla, dai Professori, Laura Ammannati, Luciano Cillerai, Francesco Farina e dai Dottori Michele Taddei e Riccardo Sansoni.