Il direttore è responsabile del funzionamento della Scuola ed è eletto fra i professori di ruolo e fuori ruolo.

Dura in carica 3 anni ( art. 4 dello Statuto dell'Università degli Studi di Siena).

Il Direttore della Scuola di Specializzazione per funzionari e dirigenti Pubblici dell'Università di Siena è il Prof. Giancarlo Rolla, ordinario di Istituzione di Diritto Pubblico presso la Facoltà di Economia.